Las Secciones constituidas en el Ateneo son: 1. De Ciencias Jurídicas y Políticas; 2. De Ciencias Naturales, Físicas, Químicas y Matemáticas; 3. De Literatura; 4. De Ciencias Históricas; 5. De Artes Plásticas; 6. De Música; 7. De Filosofía; 8. De Ciencias de la Salud; 9. De Teatro; 10. De Pensamiento Marginal; y 11. De Cine.
Podrán constituirse nuevas Secciones cuando así lo requiera un grupo de socios, en número no inferior a 25, o a iniciativa de la Junta de Gobierno, siendo necesario en tal supuesto que dicha iniciativa sea respaldada en un plazo no superior a seis meses por al menos 25 socios.
En todo caso, la constitución o disolución de las Secciones habrá de ser acordada en Junta General.
A las Secciones pertenecen todos los socios, quedando excluidos de voto los transeúntes.
Discutido y aprobado en Junta General Extraordinaria del 29 de octubre de 1884; aprobado por el Gobernador Civil de Madrid el 11 de diciembre de 1884 y entró en vigor el 1º de enero de 1885. Reformado el 20 de marzo de 1888, el 30 de diciembre de 1889, el 26 y 30 de mayo de 1890, el 8 de febrero de 1894, el 10 de diciembre de 1898, el 6 de mayo de 1918, el 14 de abril de 1921, el 10 de mayo de 1922, el 10 de mayo de 1923, el 9 de mayo de 1930, el 5 de noviembre de 1984 y el 13 de abril de 1998.