La Junta de Gobierno se compone de un presidente, dos vicepresidentes, dos vocales, un bibliotecario, un contador, un depositario y tres secretarios, elegidos por la Junta General entre los socios de número o de mérito que tengan, por lo menos, un año de antigüedad en el Ateneo.
Los miembros de la Junta de Gobierno desempeñarán gratuitamente sus cargos, sin perjuicio de poder ser reembolsados por los gastos debidamente justificados que el desempeño de su función les ocasione.
Discutido y aprobado en Junta General Extraordinaria del 29 de octubre de 1884; aprobado por el Gobernador Civil de Madrid el 11 de diciembre de 1884 y entró en vigor el 1º de enero de 1885. Reformado el 20 de marzo de 1888, el 30 de diciembre de 1889, el 26 y 30 de mayo de 1890, el 8 de febrero de 1894, el 10 de diciembre de 1898, el 6 de mayo de 1918, el 14 de abril de 1921, el 10 de mayo de 1922, el 10 de mayo de 1923, el 9 de mayo de 1930, el 5 de noviembre de 1984 y el 13 de abril de 1998.
